تقوم حوكمة قطر الخيرية على ثلاثة أجهزة رئيسة تتمثل في:
أ- جمعية عمومية مفتوحة العضوية وفق مقتضيات القانون واللوائح، وهي أعلى هيئة تقريرية في الجمعية.
ب- مجلس إدارة منتخب، يتكون من تسعة أعضاء، ويضطلع بالإشراف العام على إدارة الجمعية ويخضع لمساءلة
ت- رئاسة تنفيذية تعنى بإدارة العمل بالجمعية وتحت إشراف ومساءلة مجلس الإدارة